import os
import numpy as np
import nibabel as nib

def standardize_affine(file_path, output_dir):

    img = nib.load(file_path)
    data = img.get_fdata()
    affine = img.affine.copy()

    # 初始化翻轉軸
    flip_axes = []

    # 檢查 X 軸方向
    if affine[0, 0] < 0:
        flip_axes.append(0)
        affine[0, 0] *= -1
        affine[0, 3] *= -1  # 修正平移部分

    # 檢查 Y 軸方向
    if affine[1, 1] < 0:
        flip_axes.append(1)
        affine[1, 1] *= -1
        affine[1, 3] *= -1  # 修正平移部分

    # 檢查 Z 軸方向
    if affine[2, 2] < 0:
        flip_axes.append(2)
        affine[2, 2] *= -1
        affine[2, 3] *= -1  # 修正平移部分

    # 翻轉數據（如果需要）
    if flip_axes:
        data = np.flip(data, axis=tuple(flip_axes))

    # 保存修正後的影像
    standardized_img = nib.Nifti1Image(data, affine)
    output_path = os.path.join(output_dir, os.path.basename(file_path))
    os.makedirs(os.path.dirname(output_path), exist_ok=True)

    nib.save(standardized_img, output_path)